本會接管「臺南州商工經濟會」之產業後，雲林、嘉義、台南等縣商會，以過去係與本會在同一行政區域為由，主張本會財產之權利應為四縣市商會所共有，出面與本會交涉，造成產權糾紛。曾於民國38年2月由省商聯會前常務主席陳啟清先生邀集有關首長及當事人試行調解，議定財產分配比率，並訂立誓約書，但議定內容本會顯居不利，殊無接受之可能，故纏訟經年，迨難解決。民國45年6月，第6屆改選，本市聞人郭池中先生當選本會理事長，理監事陣容亦煥然一新。就任之初，銳意改革會務，積極整頓財務，並有鑒於產權糾紛之長此困擾，積極尋求解決途徑，由當時本會顧問曾國樑先生洽請省商聯會理事長張祥傳先生、社會處科長黃宇元先生等人，邀集有關當事人再度調處；幾經折衝，終於在各造同意之下，宣告和解成立，由本會貸款新台幣27萬元支付雲林、嘉義、台南三縣商會作為補償金。嗣後將接管之產業一部分售出，取得資金後，除償還債務外，並興建本會現有辦公大樓。

民國62年3月1日，「台南市商會」依法更名為「台南市商業會」。本會自民國35年成立以來，在歷任理事長之精心擘劃，理監事之協同合作，始有今日之現狀。